至于将美、英、荷全部列为下一步的作战敌手，日本内部也经过长时间的争论。日本南方作战的终极目标是荷属东印度，如果以武力直取这一目标，其前进道路上的障碍就是两翼的菲律宾和马来亚，屁股后还有个香港。香港还好说，马尼拉和新加坡却不容小觑，分别是美国和英国在远东最重要的军事基地。如果不和英、美作战当然是好，但是荷兰败亡之后荷兰政府已流亡伦敦，英荷已形成不可分割的一体，对荷兰作战就是对英作战，所以英国的属地都必须列入作战范围，再说那些地方的资源也非常丰富。剩下的就是考虑美国与英、荷之间的关系，以确定是否把菲律宾列入作战范围。

　　1940年7月在制订《适应世界形势演变的时局处理纲要》时，军部的出发点还是以美英分离为前提。当时政府和大本营的考虑是，敦刻尔克大撤退后的英国本土已岌岌可危，日本如果对英国动武的话美国未必会为英国火中取栗。

　　随着欧洲战局的进展美英关系也越来越亲密，美国开始大力援助英国，日本陆海军因此产生重大分歧。大本营海军部认为英美关系密不可分，在对南方行使武力时必须将菲律宾包括在内。而陆军的见识明显就差一点，认为打英国美国不一定会参与进来，尽可能别惹美国这个瘟神，不赞成对菲律宾行使武力。

　　海军认为陆军的想法绝对是一厢情愿，理由如下：

　　一、假如抛开菲律宾进行南方作战，势必要遭到以菲律宾为基地的美军之侧击，南进的日军时刻处于危险之中，此乃兵家之大忌也。

　　二、确保爪哇、苏门答腊、婆罗洲等南方资源地带同日本本土之间的海上交通对于未来的持续作战是绝对必要的，日本必须通过这里将南洋掠夺的石油和物资运回本土，菲律宾是对这一海上生命线的巨大威胁。

　　三、再进一步说，为便于南方作战的顺利实施，把菲律宾作为作战中间基地和补给基地是非常必要的。

　　到1941年春天，随着日美关系的不断恶化，特别是日军进驻法属印度支那美国所做出的过度反应让陆军逐渐意识到，要想让美国置身事外好像已不可能。南方地区同样也是美国橡胶、锡等战略物资的主要来源地，日军占领新加坡和荷属东印度对菲律宾也造成了重大威胁，美国不参战也可能导致全面丧失对中国问题的发言权，因此罗斯福绝不会隔岸观火。不攻击菲律宾也许能让美国暂时不介入战争，但容许美国在西太平洋保留这样一个巨大的军事基地，等到其增援兵力到达将会对日军的继续作战产生致命的影响，日军连先发制人的机会也丧失了。既然如此索性一不做二不休连你也一起干掉，陆海军的意见终于取得了统一。美、英、荷1941年4月21日在新加坡召开的联合军事会议更加坚定了日军将其作为一个整体的决心。因此在9月6日御前会议上通过《帝国国策实施要领》时，美、英、荷已经成为了一个整体。

　　要说这日本陆海军是故意抬杠一点也不为过，在攻占南方地区的次序上双方又开始争执不休。海军主张向右迂回从菲律宾方面向婆罗洲、爪哇、苏门答腊再到马来亚，陆军主张向左迂回就是相反从马来亚方面向苏门答腊、爪哇、婆罗洲再到菲律宾。最后商定的结果是都别迂回了，对菲律宾、马来亚两方面同时进行奇袭，最后在荷属东印度汇合。当然经过山本大将的据理力争，突袭目标加上了珍珠港。

　　欧战爆发之前，日本陆军参谋本部一直未着眼于打大战，战斗行动一直局限于亚洲大陆。随着欧战爆发英法相继卷入战争以及《三国同盟条约》的签订，陆军统帅部自1940年末就开始着手制定对美、英、荷的作战计划。最初制定的仅仅是马来亚、菲律宾等区域性的作战计划，后来自1941年4月改为制定综合作战计划。在此期间陆、海军统帅部的作战参谋之间始终保持着紧密联系。到了8月，陆海军已基本完成了各自作战计划的制定。

　　按计划的战争准备早已展开。8月15日，日本联合舰队下令于10月上旬达到实战所需的战斗能力。根据上述要求海军征用商船265艘，总吨位112万吨。9月18日陆军发布南方作战的预备命令，陆军先后六次，五次在9月、一次在10月3日宣布成立临时部队番号以及向南调兵的计划，预定参战部队开始向中国南部、台湾、海南岛、帛琉群岛、法属印度支那等地区集结。同时在上述区域建立航空和海运基地，加紧对作战物资的储备。

　　1941年10月，随着空降部队的建立，日军开始了以占领巨港、巴厘巴板等油田及炼油设施为目标的针对性军事训练。为了防止敌军在逃跑前破坏油田及相关设施，在荷属东印度作战中日本将首次使用伞兵突袭。

　　对于未来的作战日本可谓是未雨绸缪。陆军参谋本部从1940年就开始组织力量对南方一些用兵要地进行实地考察，搜集军事情报。至开战前的这一段时期，从菲律宾到马来半岛，从马尼拉到新加坡，从关岛到缅甸，到处都布满了日本陆海军派出的间谍。他们以商人、游客或者外交官等身份对当地的防务、机场、交通、桥梁、登陆海滩等进行考察，寻找当地潜在的合作者。由于英国、荷兰在这些地区的殖民统治不得人心，菲律宾也一直在与美国闹独立，所以这些情报人员得到了当地日侨和土著居民的大力帮助和支持。他们获得的宝贵信息源源不断地汇集到东京大本营。

　　举例说明。1940年夏天，陆军参谋本部作战参谋国武辉人少佐以外交官的身份进入马来半岛，重点对英国远东最大的军事基地新加坡进行考察。国武少佐经过实地考察后发现，新加坡这个岛屿与马来半岛顶端只有一条约一千米长的堤坝相连，这座号称东方直布罗陀的军事要塞从海上进攻的确是困难重重，但若从陆上进行包抄也就是从北面进攻的话就能免去不少麻烦。国辉少佐还发现，尽管从地图上看从泰国边界到新加坡只有五、六条河流，但实际上大小河流有250条之多。如果守军在后退的时候炸掉桥梁，就会极大地影响日军的进攻速度。在选择登陆地点和制定具体作战计划时这些因素都给予了充分的考虑。后来在实战中日本选择不断在守军的后方登陆造成了英军的连续溃败，到第二章“风雨飘摇马来亚”一节再详叙。

　　1940年10月12日，陆军参谋总部对位于上海附近地区的第五师团下达了实施登陆作战训练的命令。12月6日在中国华南地区的近卫师团、第十八师团、第四十八师团也根据参谋总部的命令开展了适应热带地区作战的军事演习。

　　接着在1940年12月中旬，日军在台湾成立了研究南方作战的中心机构——台湾军战术部，部长由林义秀大佐担任，但真正的推动力来自于赫赫有名的财狼参谋辻政信。战术部负责对各兵种部队在南方作战中战斗、装备、军需、给养、卫生防疫、海岸地形、潮水涨落等事项进行研究。