宇垣同样无法理解井上的命令，他立即向拉包尔发出了质询电：“当前战机大好，我们认为需要对敌步步紧逼，请报告不能进逼的理由。”第四舰队对这份语气尖刻的电报根本未予理睬，再次下令延期进攻莫尔兹比港，并“改变部署，准备攻打瑙鲁和大洋岛”。对此三和勃然大怒，“这种想法无异于失败主义”。他向山本司令官建议，第四舰队的做法已经完全丧失了“大日本帝国海军”的战斗精神，现在已经无须顾及井上司令官的体面和权威了。眼下我们必须全力追击逃跑之敌。如果燃料用尽，就把一切可燃物甚至是桌椅板凳统统扔进锅炉里去。

　　山本显然也赞成宇垣和三和的观点。晚上22时整，一直对属下还算客气特别和井上还是老伙计的山本大将亲自下达了“一个没有先例的命令”：“应继续追击，歼灭残敌。”

　　日军放弃追击向北退却的消息迅速传到东京。军令部总长永野修身大将拍案而起，他甚至将井上的撤退与当年日俄战争时期“上村舰队事件”相提并论，认为井上的做法与当年上村中将放走耶森海参崴分舰队的做法毫无二致，纯粹属于贻误战机的怯敌行为。他迅速致电联合舰队司令部，“这是上村舰队的重演，赶快发出追击命令！”

　　军令部总长、联合舰队司令官两大海军巨头双双震怒，举座皆惊。无奈之下，颜面尽失的井上只好收回了之前的撤退命令：丸茂少将MO支援部队立即终止德博因基地的撤退，同时放飞水上飞机寻找并攻击敌舰；高木机动舰队在快速完成加油之后于第二天向南追击；五藤属下的两艘重巡洋舰配合高木歼灭残敌。

　　9日清晨，以“瑞鹤”号为核心的高木舰队调头向南搜索，试图在10日再启战端。由于美军航母均已“沉没”，高木希望随后的战斗能够扫荡所有仍然滞留在珊瑚海的美军巡洋舰和驱逐舰。可笑的是，9日当晚梶冈登陆船队已经回到了拉包尔，高木的追击纯粹变成了一种毫无意义的赌气行为。此时原的手中已经有了24架战斗机、13架俯冲轰炸机和8架鱼雷机。5月10日黎明时分，原少将在图拉吉以南460公里处放飞了8架战斗机，向南搜索460公里。此时第十七特混舰队距离日军在830公里以上，原的搜索注定毫无结果。

　　但日军的搜索还真发现了一艘美军舰船，它就是已经在海上漂浮了两天多的“尼奥肖”号，这艘失去动力的油船在海面上可怜地随波逐流。由于此前报错了方位，弗莱彻派出的“莫纳汉”号驱逐舰并未能够找到他们。郁闷的高木认为，为一艘马上就要沉没的破油轮不值得动用“瑞鹤”号上宝贵的航空力量，派驱逐舰去攻击距离又太远，干脆就放它一马，任其自生自灭吧。

　　还真别说，为了搭救这艘油轮上的幸存者，弗莱彻和努阿美基地都派出了救援力量。“莫纳汉”号虽然未能找到他们，但5月9日从努阿美启航的“亨利”号驱逐舰在5月11日11时15分得到了己方一架卡塔琳娜水上飞机的指引，终于在12时53分找到了可怜兮兮的“尼奥肖”号。油船上尚有幸存者122人，其中13人来自“西姆斯”号驱逐舰。到下午14时06分，舰长菲利普斯上校最后一个登上了“亨利”号。老酒窃以为菲利普斯和之前谢尔曼上校的做法值得提倡。为了保持对军舰的尊敬，你完全可以最后一个离舰，而不是随舰一起沉入海底。

　　随后“亨利”号向油船右舷发射了两条鱼雷，第一条鱼雷竟然从舰底一穿而过，第二条才准确“命中”目标。但这艘顽强的油轮依然不愿就此入水，“亨利”号花费了146发主炮炮弹才将破烂不堪的油轮击沉。5月14日，“亨利”号带着幸存水兵安全抵达布里斯班。

　　当晚高木舰队向所罗门群岛北部航行了一夜，那里有一艘油船负责给他的舰只紧急加油。高木已经无意再追，他和原都认为没有理由怀疑飞行员们提供的战果。既然敌人航母已葬身海底，“瑞鹤”号继续滞留珊瑚海已毫无意义—他当然不知道哈尔西的两艘航母正在步步逼近。此时弗莱彻早已远走高飞，日本人就是想追也追不上了。10日12时30分，沮丧的高木调头北上，沿着之前进入珊瑚海的航线于5月11日绕过了圣克里斯托瓦尔岛，从东南方向接近拉包尔。此时天空万里无云，高木终于完成了向拉包尔输送战斗机的倒霉任务。

　　为了给随后的中途岛作战留出充足的准备时间，5月10日13时30分，联合舰队司令部向南洋部队发出了“联合舰队电令作第144号”：莫尔兹比港作战延迟到第三期（即7月）进行。南洋部队集中兵力在5月17日完成占领大洋岛和瑙鲁岛的RY作战。

　　原来暂归南洋部队指挥的日军各部受命各回各家。9日下午，高木第五战队和原第五航空战队受命脱离第四舰队序列。大本营对MO作战的失败依然是耿耿于怀。5月19日，已经返回拉包尔的陆军南海支队被编入新组建的第十七军，试图从莱城和萨拉莫阿出发翻越欧文斯坦利山从陆路进攻莫尔兹比港，他们的灾难也由此开始，后文详叙。

　　5月10日，南洋部队采取了最后一项示威活动，意在挽回在珊瑚海丢掉的面子。志摩清英的图拉吉攻略部队受命攻占大洋岛和瑙鲁岛，由高木的“瑞鹤”号及五藤的四艘重巡洋舰提供支援。RY作战可谓命运多舛，5月11日在布卡附近海域，刚刚出发的志摩舰队遭到了美军潜艇“S-42”号的伏击，奥利弗柯克少校的一条鱼雷准确命中了4474吨的“冲岛”号布雷舰，志摩的旗舰完全失去机动动力。5月12日5时40分，“睦月”号驱逐舰试图将熊熊燃烧的“冲岛”号拖走，但它还是于6时48分沉入海中。非但如此，约翰摩尔少校的“S-44”号潜艇寻隙击沉了前来救援的“松荣丸”号货船。

　　此时，哈尔西的第十六特混舰队已逐渐逼近了珊瑚海。可惜他们来晚了，当弗莱彻与高木在珊瑚海上大打出手时，第十六特混舰队还远在其东北方向3000公里的海域。在获悉日军即将攻占大洋岛和瑙鲁岛且“瑞鹤”号很可能参加这次作战时，正在为未能赶上珊瑚海海战郁闷无比的哈尔西瞬间抖擞了精神。

　　5月12日，尼米兹致电哈尔西“日军对两岛的登陆行动将在5月17日开始”，但“瑞鹤”号很可能已经启程回国，参加另一场更加重要的战役。对此唏嘘不已的哈尔西只好在13日率舰队由埃法特向西北进发，希望能在四天后对日军的登陆部队实施截击，捞不住大鱼逮只虾米塞塞牙缝也行。

　　此时尼米兹已做出了准确的判断，日军下一步的攻击目标就是中途岛。弗莱彻及哈尔西必须尽快返回珍珠港，以应对中太平洋迫在眉睫的危机。对此金上将并不赞同，他认为日军的战略重点依然在南太平洋—对此麦克阿瑟举双手赞成—反对尼米兹将三艘航母全部从那里撤离，提出在南太平洋必须始终维持两艘航母的规模。由于“约克城”号已经受伤，“萨拉托加”号最快在6月初才能重返珍珠港，“黄蜂”号暂时也指望不上，金在13日致电尼米兹、马歇尔和哈尔西，第十六特混舰队的两艘航母“脱离我军岸基飞机的掩护且处于敌军岸基飞机打击范围的前沿地带是不可取的”。金的这一命令让哈尔西暴跳如雷，这等于彻底绑住了他的手脚。

　　尼米兹必须借助日本人的力量来对付金上将，顺利实现自己的兵力调动和战略部署。14日晚，哈尔西接到了尼米兹发来的一封要求他亲自开启的机密电报：第十六特混舰队要在第二天进入东所罗门群岛900公里之内的海域，以确保图拉吉基地日军活动范围很大的水上飞机能够尽快发现他们的行踪，之后迅速返回珍珠港。尼米兹预计两艘航母的突然出现足以吓退日军的登陆部队，并以“打草惊蛇”为第十六特混舰队创造撤回夏威夷的理由，同时给日军造成美军两艘主力航母仍在南太平洋的假象，真乃一石三鸟之妙棋也。

　　尼米兹此举对未来战局产生的积极影响，将在随后的中途岛海战中得到体现。