1942年2月8日，联合舰队作战参谋三和义勇中佐就预料到“敌人空袭东京”的可能性，但认为这并不是一个“大问题”。不过，“东京毕竟是我们的首都，是我们神圣国土的中心。从这个意义上讲，无论如何不能让此类事情发生。”三和是个训练有素的飞行员，在过去二十年里曾在日本海军航空部队的各个部门任过职，深谙空中战略战术。正因为此，开战前一个月，山本特地将他调来担任自己的航空参谋。

　　为防患于未然，山本在日本近海精心组织了一条舰艇警戒线。参加的船只共有171艘，他们统属负责北方水域警戒的第五舰队指挥，司令官为细萱戊子郎海军中将。这些船只大多是征用私人的渔船，从50吨到250吨大小不等。一般船长和通讯兵由海军士兵担任，其他船员大都是这些海军士兵的家属或普通渔民，旗舰是7889吨的邮船“赤城”号—并非南云中将的那个“赤城”号。这些舰船在距日本海岸线130公里到1600公里的海域部署，南北延伸1600公里。船上都安装有无线电通讯设备，白天抛锚停泊晚上巡逻，一旦发现敌踪即可立即上报。

　　除此之外，山本还每天派出海军陆基侦察机实施远程巡逻，以期阻敌于国门之外。事实证明，山本的顾虑是现实存在的。但他的未雨绸缪并未奏效，令他最担心的事情还是很快就发生了。

　　早在4月10日，位于东京郊外的海军监听站已经截获到哈尔西和米切尔之间频繁的往来电讯，日军随即测算出“大黄蜂”号航母的大致位置，并判断美军极可能以航母编队前来袭击日本本土。大本营对此并未给予充分重视，他们认为美国人绝对没这个胆儿。日军并未跳出通常的思维模式，他们认为美国人即使来了，由于航母舰载机航程较小，航母必须驶到日本近海才能放飞飞机，在他们到达放飞点之前早已被精心布置的警戒线给发现了。这样不等美军进入有效打击距离，日军的水面舰艇和陆基轰炸机就会蜂拥而至，让他们水面上来水底里去！

　　4月18日清晨发现哈尔西舰队并迅速发出警报的“日东丸23”号正是众多警戒舰艇中的一艘。就在这艘巡逻船遭受美军炮击的差不多时间，他们发出的电报已经摆在了山本司令长官的案头。开战以来被可能到来的空袭折磨得有点神经质的山本大将激灵灵打了一个冷颤：敌人果然来了。

　　“告诉‘日东丸’，进一步查明敌舰的准确数字。”

　　“无线电联系中断，估计‘日东丸’已经…”

　　尽管随后与“日东丸23”号取得联系的各种努力均告失败，但没有人怀疑这份电报的真实性。结合之前截听到美国人陡然增加的通讯量，那就只有一种显而易见的结论：一直以来山本所担心的国家首都遭袭的威胁已近在眼前。根据此前的情报，日本潜艇在夏威夷附近击沉了一艘美军航母—事实上“萨拉托加”号只是受伤回去维修了，这样美国太平洋舰队只剩下了三艘航母。“日东丸23”号的错误报告使山本相信，敌军的全部航母正朝着东京疾驰而来。

　　想到此处，山本丝毫不敢怠慢，立即按“对美舰队作战第三号战术方法”发出了作战命令：“以三艘航母为主力的敌方部队今晨出现在0630位置，东京以东1200公里处，各部全力以赴迎战美国舰队。”

　　一、潜艇部队、机动部队、南方部队、北方部队立即投入对美军舰队的作战。

　　二、战列舰主力部队根据实际需要进行必要支援。

　　三、第十一航空舰队派出一部分兵力到本土东部。

　　4月17日，结束了南方作战的第二舰队司令官近藤信竹中将刚刚回到横须贺海军基地，屁股还没坐稳就接到了立即出击的命令。近藤迅速坐镇“爱宕号”重巡洋舰率领横须贺地区所有水面舰艇以最高速度奔向美军舰队所在海域。与此同时，第一舰队司令官高须四郎中将也率领四艘主力战列舰从广岛湾火速起航，前往支援近藤舰队的作战。距离本州岛800公里处的6艘潜艇接到电令也全速出击。第六舰队另外5艘潜艇受命从特鲁克基地火速出发，搜索小笠原群岛以北海域。

　　海军航空兵也紧急出动。短短几小时之内，日军已召集了不少于90架战斗机、80架中型轰炸机、36架舰载轰炸机以及两架水上飞机。连此前因意外触礁正在佐世保军港进行大修的“加贺”号航母—它因此未能参加锡兰海战—所属舰载机也被紧急动员起来。山县正乡少将第二十六航空战队的32架中型轰炸机、12架零式战斗机迅速从木更津空军基地拔地而起，向东直扑哈尔西舰队。但这些战机一直飞到航程尽头也未发现美军，似乎敌人知道自己被发现后已放弃攻击径自转身逃逸了。

　　此时，从印度洋得胜回师的第一航空舰队正经巴土海峡驶往本土。当接到紧急通知的渊田美津雄快步走入“赤城”号的作战室时，南云司令长官、草鹿参谋长正在研读联合舰队司令部发来的紧急电报。“好呀，他们到底来啦！”源田随手把“日东丸23”号的敌情报告抄件递给渊田，告诉他联合舰队已采取“第三号战术方法”，并要求南云舰队快速返航参加围剿美军舰队的战斗。

　　众人一起摊开了海图。根据舰队目前位置以及发现美军舰队的大致方位，大家一致判断，即使以最快速度返航也无法赶上即将发生的战斗，除非美国人傻了在那里等着一直不走。尽管如此，必要的姿态还是要做的。南云随即颁布命令，舰队以最快速度驶向发现敌军的海域，舰载机被从机库迅速提升至甲板并加油挂弹，准备随时起飞发起攻击。

　　但哈尔西的快速返航使得南云舰队的追击变得毫无意义。眼见追击无望的南云随后率部于4月22日回到本土，准备休整之后参加更加重要的中途岛海战。不过渊田及日军航母的飞行员们还是认为，“美军的此次空袭实在高明”。起初他们猜测美军会让飞机执行完轰炸任务后迫降海上，然后派潜艇把飞行员接走。还有一种猜测是，怀疑四国以南360公里处被发现的一艘俄国轮船可能负有对美国飞行员的救生任务。很快在中国的日本部队用无线电报告说，有美国飞机在南昌附近强行着陆。在了解到空袭的飞机是单程飞行前往中国降落时，渊田等人对敌人表示了由衷的钦佩。三和义勇在4月20日的日记中写道：“倘若果真如此（指陆军飞机从航母上起飞），即便他们是敌人，他们的行动也该被看成是很棒的！”

　　发出一系列命令的山本再次陷入了沉思，“要不要立即向东京发出预防空袭的警报？”斟酌再三山本还是决定暂时不报，他还存有一丝侥幸心理。迎击舰队及航空兵已经出动，知道行踪被发现的美军舰队很可能已经调头逃逸。再说按照“日东丸23”号发回的信息，美军舰队所处位置距本土尚有1200公里之遥。按照航母舰载机的攻击半径，美军舰队必须继续向前行驶，也就是说空袭行动最早也要到后半夜或明天凌晨才会发生。在此之前，他的舰队还可以大有作为，至少在18日白昼东京是安全的。山本最后决定等等再说。

　　山本万万没有想到，美军采取了一种别出心裁的办法，他们派出的是腿更长的陆军轰炸机。